Tout savoir du microbiote intestinal

Alimentation - Posté le vendredi 10 avril 2020

Dossier #7 Reportage

Le temps où la bactérie était considérée comme l’ennemie public n°1 est révolu. Depuis des années, la science s’intéresse au rôle des bactéries, champignons et autres virus constitutifs de notre flore intestinale, désormais bien connus sous le nom de microbiote intestinal.

Découvrir le microbiote intestinal

Par ses liens multiples avec différentes réactions de notre organisme, le microbiote intestinal défraie aujourd’hui la chronique.

Mais que représente-t-il ?

Notre intestin abrite 100.000 milliards de bactéries, virus, champignons, soit 10 fois plus que le nombre total de cellules dans tout notre organisme !
L’ensemble de ces bactéries constitue ce fameux microbiote intestinal, considéré comme un organe à part entière.

Mais quand a lieu notre première confrontation avec le microbiote ?

Notre grande histoire avec le microbiote commence très tôt, bien avant notre naissance. De récentes études ont évoqué la présence de bactéries dans le liquide amniotique. Mais c’est après notre naissance, et particulièrement après un accouchement par voie basse que, en quelques heures seulement, notre espace quasi-stérile se transforme en un environnement peuplé de milliers de bactéries : une étape déterminante pour la constitution de notre microbiote intestinal.
De la fin de la grossesse jusqu’à l’âge de 3 ans environ, le microbiote intestinal s’implante sous l’influence de différents facteurs comme la génétique, le type d’alimentation (un enfant nourri au sein aura davantage de bactéries du type Lactobacillus, connues pour avoir un impact bénéfique sur la santé) et même selon le mode d’accouchement.

Chaque personne dispose donc d’un microbiote unique, à l’image d’une empreinte digitale.

Quelles sont ces bactéries ?

Certaines familles de bactéries sont constamment présentes dans notre intestin : on parle alors de microbiote dominant et sous-dominant. Le microbiote de passage occupe, quant à lui, un rôle transitoire.

  • Le microbiote dominant regroupe 3 familles de bactéries (Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobacteria), les deux premières représentants 90% du microbiote intestinal.
  • Le microbiote sous-dominant est composé de bactéries dont la plus connue est Escherichia coli.
  • Le microbiote de passage est principalement composé des bactéries d’origine alimentaire.

Les fonctions du microbiote intestinal sur notre santé 

En 2008, l’étude MétaHIT (INRA) a permis de révéler la richesse de notre flore intestinale : on a ainsi pu isoler 3,3 millions de gènes, appartenant à plus de 1000 espèces différentes, ce qui représente, pour un individu donné, 540 000 gènes pour 160 espèces en moyenne.

Mais comment ces bactéries peuvent-elles avoir un rôle positif sur notre santé ?

Une richesse du microbiote, en qualité et quantité permet d’assurer de nombreuses fonctions, indispensables à notre bien-être :

  • Un rôle nutritif, primordial grâce à une décomposition des résidus alimentaires non digestibles et l’assimilation de nutriments, tels que les acides gras par exemple.
  • Un rôle protecteur grâce à un effet barrière permettant de prévenir la multiplication des bactéries indésirables
  • Un rôle énergétique, en participant à la synthèse de certaines vitamines B et K importantes dans le métabolisme de nos cellules.

Le saviez-vous ?

Selon les travaux de chercheurs français*, le microbiote intestinal (en particulier les bactéries de type Enterococcus hirae et Barnesiella intestinihominis) peut booster les effets thérapeutiques d’un anti-cancéreux utilisé pour traiter de nombreux cancers.

*Equipe de recherche de l’Inserm, de l’Institut Gustave Roussy, du CNRS, de l’Institut Pasteur de Lille, et des universités Paris Sud et de Lille

La dysbiose, conséquence des déséquilibres intestinaux

Le microbiote intestinal rend service à l’organisme en le protégeant et en renforçant ses défenses. Cependant, lorsque notre flore intestinale est altérée, un déséquilibre du microbiote peut apparaître. Ce déséquilibre (dû à la prédominance de certaines bactéries néfastes et la diminution d’autres espèces bactériennes favorables) peut alors entraîner une dysbiose, à l’origine de certaines maladies inflammatoires :

  • Constipation, diarrhées, maladies chroniques de l’intestin (maladie de Crohn…)
  • Syndrome de l’intestin irritable (ballonnements, troubles digestifs, douleurs…)
  • Intolérances alimentaires…

Microbiote et stress

Et si votre stress ne provenait pas de votre cerveau mais plutôt de votre intestin ?
Avec ses 200 millions de neurones et son système nerveux autonome, l’intestin est souvent considéré comme notre deuxième cerveau. On comprend facilement le trajet entre cerveau et intestin (quand par exemple, un excès de stress engendre des nausées), mais la nouveauté est de mieux cerner le trajet inverse. De récentes recherches viennent à mettre en évidence que le microbiote intestinal participe à la gestion de nos émotions et va même jusqu’à influencer notre personnalité !


Chez les patients stressés ou dépressifs, le microbiote subit en effet de nombreuses modifications, avec une diminution de certaines bactéries comme les Bacteroidetes.

Microbiote et obésité 

Et si microbiote intestinal et obésité étaient étroitement liés ? C’est, ce que de nombreuses études ont tenté de mettre en évidence, en analysant les différentes bactéries intestinales présentes chez des personnes saines et des personnes obèses. D’après le projet européen MetaHIT, les personnes obèses bénéficieraient d’une faible diversité bactérienne par rapport aux personnes saines. Cette absence de diversité n’est pas sans conséquence, par exemple syndrome métabolique avec troubles vasculaires ou diabète de type II.

Une faible diversité bactérienne, mais également l’absence significative de certaines bactéries bénéfiques à notre santé sont à l’origine de certaines pathologies. C’est Akkermansia muciniphila qui est actuellement sous le feu des projecteurs : les patients disposant d’un plus fort taux de cette bactérie bénéficient d’un profil métabolique sain : diminution de la glycémie, résistance à l’insuline… De quoi se servir de cette actuelle vedette pour concevoir de nouveaux traitements contre l’obésité !

Pensez prévention santé avec le bilan Juvenalis Microbiote intestinal

Vous souffrez du syndrome de l’intestin irritable, d’intolérances alimentaires ou de maladies inflammatoires chroniques ?

Il peut être intéressant de réaliser une cartographie de votre microbiote intestinal afin de savoir si vous présentez une dysbiose.
Cette cartographie complète permettra d’identifier et de quantifier vos bactéries intestinales. Elle pourra aussi potentiellement identifier la présence de pathogènes dans votre microbiote.

Ces informations vous permettront de mettre en place des solutions pour essayer de rééquilibrer votre microbiote et de diminuer vos symptômes.